在尝到制度漏洞带来的甜头后，选择避开传统强校的优势科目成了众多普通高中的策略，也有部分学校采取将一届学生分散考试、已取得高分的考生再次参加考试、减少低分学生参加考试的次数等方式，以求放大自己学校学生在选考当中的优势。学生的选考行为变成了学校操纵的结果。学生家长担心这样的制度会导致根据自身兴趣选考科目的初衷化为泡影，学生选考某一科目并不从属自己的内心，而变成一种策略性行为，考上一所更好的大学才是背后的根本动力。
（四）第一届考生对新高考存在适应难题
新高考制度在浙江、上海两地试点后，不少学生在网络上抱怨新高考制度并未减少自己的学业压力，甚至变相增加了学业负担。他们表示以前的学生只在高三才会面对考试的重担，而现在他们高一、高二就需要面对多门考试的压力，高三整天面对语数外三门功课也无比枯燥。
除了考试制度外，新的招生制度也使不少考生在通往理想高校的路上马失前蹄。2017年大部分省份合并了本科二批和本科三批招生，山东、上海和海南只剩下本科批次和专科批次，而浙江则采取了更为激进的“不分批次、专业平行投档”机制，普通院校进而有了与名牌大学同批次竞争的机会。在浙江省，一些学生被浙江大学城市学院等学院前的名牌大学名字所误导而填报了较差的学校，出现了高考646分的学生上三本院校的极端例子。同时，2017年浙江省历史性地给予每位高考考生80个专业填报机会，面对如此多的选择，不少学生表示眼花缭乱、不知所措，没能填满所有志愿。